Misteriosamente, Kaworu Nagisa surge diante de Shinji, revelando que, na verdade, ele é o último Anjo.
Assumindo sua identidade de inimigo, Kaworu tenta entrar em contato com Adão que, supostamente, estaria na base da NERV. O piloto da Unidade 01 vai atrás dele para evitar o Terceiro Impacto. Começa, então, uma luta que irá definir os rumos de toda a humanidade…
